相比手工清洗，自动清洗能减少更多的生物负荷，再处理医疗设备时作用更强。然而，手工清洗后发现的细胞以及器械表面发现的生物膜证明了初始附着阶段后，细菌已经牢牢附着在器械表面，无法完全去除生物膜。‍

 全自动内镜清洗机采用全电脑控制，对内镜进行冲洗，酶洗，清洗，2%戊二醛消毒漂洗，每个过程采用循环流动浸泡，可杀灭菌芽孢等各类生物。